Η ηγεμονία ήταν δημιούργημα της πολιτικής των μεγάλων Δυνάμεων Γαλλίας, Αγγλίας και Ρωσίας στο χώρο της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Η Σάμος έγινε αυτόνομο κρατίδιο υποτελές στο σουλτάνο. Ο ηγεμόνας της ήταν χριστιανός, ανώτερος αξιωματούχος της Υψηλής Πύλης, διοριζόταν από τον σουλτάνο και έφερε τον τίτλο του πρίγκιπα.
Διοικούσε το νησί μαζί με μια τετραμελή τοπική κυβέρνηση, ονομαζόμενη Βουλή, η οποία εκλεγόταν από τη Γενική Συνέλευση των πληρεξουσίων κάθε χωριού ή κωμόπολης, που έπαιζε το ρόλο της νομοθετικής εξουσίας και συνεδρίαζε κάθε χρόνο επί ένα περίπου μήνα. Ο τρόπος διοίκησης της Ηγεμονίας Σάμου καθορίστηκε από τον Οργανικό Χάρτη του 1832 και τον Αναλυτικό Χάρτη του 1850. Το καθεστώς της Ηγεμονίας διήρκεσε μέχρι το 1912, οπότε ύστερα από επανάσταση η Σάμος κήρυξε την ένωσή της με την Ελλάδα. Η επανάσταση του 1912 δεν ήταν η μοναδική εξέγερση των Σαμίων εναντίον του καθεστώτος.
Είχαν προηγηθεί και άλλες εξεγέρσεις και διαμαρτυρίες με διάφορες αφορμές και αιτίες που αφορούσαν κυρίως την καταπάτηση των προνομίων ή την καταπιεστική άσκηση της εξουσίας.